يعتبر مستشفى جمعية المقاصد الخيرية الإسلامية أحد مؤسسات جمعية المقاصد الخيرية، وتم إنشاؤه في العام 1968 مشتملا على 60 سريرا، فيما استمر المستشفى بالتوسعة إلى أن تم ترخيص 250 سريرا في الوقت الحالي، ليصبح المقاصد المستشفى التحويلي الرئيسي للمجتمع الفلسطيني في القدس والضفة الغربية وقطاع غزة. كما يعتبر المقاصد مستشفى تعليميا يقدم خدمات التدريب والاختصاص والبحث العلمي للأطباء المقيمين، وطلبة كلية الطب بالتعاون مع جامعة القدس. يعمل في مستشفى المقاصد أكثر من 900 موظف وموظفة، ويضم مجموعة من التخصصات الطبية النوعية. كما يدير المستشفى عددا من المختبرات المتخصصة وهي: الفيزيولوجيا العصبية والوراثة ومختبر الوراثة الجزيئية والأيض والنوم.